１ヶ月後。バーサ神殿の崩壊から一ヶ月…開闢王の伝説を信じる東部の民はバーサ神殿の崩壊・魔界の住人の出現といった数々の事件により混乱に陥っていたが…祭主オディロンの東方教会復帰に伴い、事態は次第に沈静化に向かう。
　東方教会は中央への協力を止め、ここで初めて革命軍と共闘する事を約束。神官戦士団が中心となり、バーサ神殿の監視とその防衛、及び魔界の住人の捜索を中心に活動していた。
　一方、革命軍は魔界の住人の存在とそれらの危険性を認識。中央に対し、魔界の住人の存在を警告すると同時にローディスからの離反・革命軍との和解を望むが、未だ返答は得られていなかった。

　究極の力を手に入れる事でヴァレリアに潜入している暗黒騎士団を牽制し、冥煌騎士団の復位を狙う冥煌騎士リチャードとタムズの前に、国王プロカスと謎の女ゼーダが魔族と共に現れる。それと同じ頃、ボルドウィンは尋常ならざる雰囲気のアムリウス皇子に呼び出され、同じ冥煌騎士であるアマゼロトとヴァプラに剣を向けられていた。パラティヌスを包む冥い波動が、冥煌騎士達に襲いかかる。魔族の放つ真の冥い波動がテンプルコマンドさえも暗黒道に落としていたのだ。リチャードとタムズは、ボルドウィンを救い出し、共に脱出する。

　和解に応じぬ中央軍との決戦を前に、東方教会の祭主オディロンと共に状況を再確認する革命軍。将軍となったマグナスは、今や革命軍の主力である蒼天騎士団を率い、中央軍、冥煌騎士団との最後の戦いへと向かう。

Boss：殉教者ルーガルー
Associate：勇者デスティン，天空のギルバルド

　革命軍内に内通者が存在する事を語る、ゼノビアの勇者デスティンとギルバルド。大きく成長したマグナスを前にした二人は、その力を信じ、共に進む事を申し出る。

　革命軍内に内通者が存在する事を語る、ゼノビアの勇者デスティンとギルバルド。革命軍の為、前線を離れる事を決意した二人は、不安に苛まれるマグナスの前から立ち去る。

　冥煌騎士団、そして中央軍との決戦に向けて進む蒼天騎士団の前に、光焔十字軍が立ち塞がる。敵を倒し、堅城エッツェルを押さえた革命軍は、内通者の存在に不安を残しながらも、中央への第一歩を踏み出す。

Boss：皇子アムリウス

　同日。ロムルス要塞で革命軍を待ち受けていたのは、魔界の力を手にした皇子アムリウスだった。アムリウスを打ち破ったマグナス達だが、魔界の住人をも支配する力と、その力を手にする者が存在する事に恐怖を隠せない。

　翌日。冥い感情に支配されながらも、強大な力を得られる『暗黒道』とは一体何なのか？　ゼノビアの妖術士サラディンは、自らの師が導き出した仮説を明かす。

　翌日。冥い感情に支配されながらも、強大な力を得られる『暗黒道』とは一体何なのか？　ヒューゴーは、かつてサラディンから聞いたある仮説をマグナスに語る。

　同日。王都ウィニアを目の前にしたマグナスの下に、『魔界の女王ダニカ神』の復活を狙う魔界の住人の目的と、それとは別に、王都ウィニアを治め、革命軍の鎮圧とローディスの滅亡を目的とする『大いなる計画』を進める『契約の子』『真王』と呼ばれる謎の存在、そしてウィニア城内にいるユミル王子の存在がマグナスに伝えられる。

　同日。王都ウィニアを目の前にしたマグナスの下に、『魔界の女王ダニカ神』の復活を狙う魔界の住人の目的と、王都ウィニアを治め、人も魔も統べる『真王』の世界を創り上げるという『大いなる計画』を進める『契約の子』『真王』と呼ばれる謎の存在、そしてウィニア城内にいるユミル王子の存在がマグナスに伝えられる。

　翌日。王都ウィニアを制圧し、パラティヌス全土の解放に成功した革命軍。ここに革命は一応の成功を見るが、マグナスの前には未だ成すべき事が、戦うべき敵が残されていた。マグナス達は蒼天騎士団が最後の戦いへ出る事をフレデリックに願い出る。

　兄であり、冥煌騎士団長であるリチャードに、タムズの死を報告するボルドウィン。リチャードは自らの想いを秘めたまま、動揺するボルドウィンを叱り付け、厳しく任務を問う。

Boss：冥煌騎士ボルドウィン

　タルペイア城を前にした蒼天騎士団に、冥煌騎士ボルドウィンが襲いかかる。逃げられはしたものの、ボルドウィンを退ける事に成功したマグナス達は、攻城戦の準備を進める。

　翌日。蒼天騎士団に敗れた弟ボルドウィンを前に、苛立ちを抑え切れない冥煌騎士団長リチャード。怒りの言葉と共に、遺跡へと向かう事を指示する。

Boss：冥煌騎士リチャード

　翌日。冥煌騎士リチャードを倒し、タルペイア城を解放した蒼天騎士団。一方、タルペイア城を捨て、遺跡へと向かうリチャードの前に現れたボルドウィンは、常に他人を見下し、利用する兄に対し剣を抜き、その胸を貫いた。神の力を手に入れる為、ボルドウィンが立ち去った後にリチャードの口から零れたのは弟を認め、思いやる言葉だった。

　遺跡を前に、謎の女ゼーダから神剣を手渡されるマーリ。しかし、彼女に封印解除の意志は無く、逆にその剣をゼーダに突き立てた。ユミルを失った悲しみから、遺跡に激しく剣を打ち付けるマーリ。その前に姿を現したのは…

　魔界の女王ダニカを封印したと言われる、ケレオレス山域へ辿り着いた蒼天騎士団。決戦を目の前にしながら、これ迄の行動に不安を残していた。その是非をデスティン（ヒューゴー）に問う。

Boss：冥煌騎士ボルドウィン

　悲しみの内に目覚めたダニカの口から、全ての真実が明かされる。その想いとは裏腹に冥い感情に支配されてしまったダニカは、遂に魔界の女王としての復活を果たしてしまう…

Boss：半神ダニカ